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II Escuela de Verano en Bioinformática

11-25 Junio de 2017, Santiago de Querétaro, Querétaro

Actualmente, los métodos que se han introducido en la investigación biológica se han propagado hacia disciplinas como la medicina, biología del comportamiento, ecología, teoría de la información entre otras. La mayoría de los investigadores que trabajan con preguntas biológicas se dan cuenta de que para poder contestarlas es necesario tomar un enfoque de biología de sistemas para poder entender lo procesos complejos que se llevan a cabo en la célula, en los procesos de evolución tanto del individuo como de las poblaciones como un todo. Actualmente el análisis de grandes cantidades de datos es una necesidad, para la cual es necesario contar con ciertos principios básicos de programación.
La II Escuela de Verano en Bioinformática , organizada por el Instituto de Matemáticas en colaboración con el Instituto de Neurobiología se llevará a cabo del día Domingo 11 de junio al domingo 25 de junio, en el Centro Académico Cultural de la UNAM campus Juriquilla.
En esta escuela de verano, con duración de 2 semanas, los participantes aprenderán cómo usar un entorno de programación Linux, además de bases de programación y conceptos básicos del análisis de datos en dos de los lenguajes de programación de vanguardia: Python y R. Los cursos serán dados por expertos en el área y consistirán de módulos teórico-prácticos.
Las actividades en esta escuela estarán dirigidas a estudiantes que se encuentren cursando la licenciatura, maestría, doctorado y jóvenes investigadores interesados en adquirir conocimientos básicos sobre el área de bioinformática.
La filosofía en la que se basa esta escuela es “aprender haciendo”. Esto significa que los estudiantes adquirirán habilidades realizando ejercicios y usando datos biológicos reales. Durante la escuela, los estudiantes desarrollarán proyectos propuestos por ellos mismos y de su interés en grupos pequeños con ayuda de un asistente de profesor.
No es necesario tener conocimientos previos de programación (aunque son sugeridos), sólo es obligatorio tener un interés en desarrollar habilidades competentes en bioinformática.
*** Las solicitudes ya están cerradas ***

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Programa y Cartel

  • Domingo 11 - Inauguración
  • Lunes 12 - Introducción a UNIX con Bioinformática
    Verónica Jiménez, Instituto de Biotecnología, UNAM Cuernavaca.
  • Martes 13 - Next Generation Sequencing,
    Steve Hoffmann, University of Leipzig, Germany
  • Miércoles 14 - Introduction to R,
    Elizabeth Santiago, Instituto de Matemáticas, UNAM Juriquilla.
  • Jueves 15 - Differential gene expression,
    Amin Saffari, University of Leipzig, Germany.
  • Viernes 16 - Tools and applications to Pharmacogenomics data
    Alejandro Reyes, Dana-Farber Cancer Institute.
  • Sábado 17 - Biological Networks
    Roberto Álvarez, Universidad Autónoma de Querétaro.
  • Domingo 18 - Día Libre
  • Lunes 19 - Introduction to Python
    Ali Yazbeck, University of Leipzig, Germany.
  • Martes 20 - Visualizing your scientific data using Python
    Augusto César Poot Hernández, IIMAS, UNAM
  • Miércoles 21 - Machine Learning
    Andrea Torres, NesThink, Mexico City, and Ricardo Menchaca, Centro de Investigación en Computación, IPN.
  • Jueves 22 - Proyecto Final
  • Viernes 23 - Proyecto Final
  • Sábado 24 - Proyecto Final
  • Domingo 25 - Proyecto Final
  • David Sankoff, University of Ottawa, Canada.
  • Peter Stadler, University of Leipzig, Germany.
  • Pedro Miramontes, Facultad de Ciencias, UNAM CU.
  • Alfredo Varela, Institute of Neurobiology, UNAM Juriquilla.
  • Selene Valverde, Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad, Cinvestav Irapuato.
  • Daniela Robles, Laboratorio Internacional de Investigación sobre Genoma Humano, UNAM Juriquilla
  • Tania Castillo Roa, Max-Planck-Institute of Psychiatry, Germany
  • Marcos Emmanuel González Laffitte, Centro de Física Aplicada y Tecnología Avanzada, UNAM Juriquilla.
  • Alitzel López Sánchez, Centro de Física Aplicada y Tecnología Avanzada, UNAM Juriquilla.
  • Edgar Iván Chavez Aparicio, Centro de Física Aplicada y Tecnología Avanzada, UNAM Juriquilla.
  • Andrés García García, Centro de Física Aplicada y Tecnología Avanzada, UNAM Juriquilla.
  • Octavio Rodriguez, Universidad Autónoma de Querétaro.
  • Nancy González, Instituto de Matemáticas, UNAM
  • Olivia Rojo,, Centro de Ciencias Genómicas, UNAM Cuernavaca.
  • José Manuel Vargas Gutiérrez, Deintec, Querétaro
  • Vanessa Arriaga Contreras, Escuela Nacional de Estudios Superiores, ENES-UNAM Unidad Morelia
  • Luis Alberto Aguilar, Laboratorio Nacional de Visualización Científica, UNAM Juriquilla.
  • Jens Steuck, University of Leipzig, Germany.

Patrocinadores

Bioinformática

Grupo de Bioinformática

UNAM

Universidad Nacional Autónoma de México

IMATE

Instituto de Matemáticas de la UNAM

DGAPA

Dirección General de Asuntos del Personal Académico

Geociencias

Centro de Geociencias

_______________

SMM

Sociedad Matemática Mexicana

IN

Instituto de Neurobiología

LNVCA

Laboratorio Nacional de Visualización Científica Avanzada

Cómo aplicar

*** Las solicitudes ya están cerradas ***

Envíe una solicitud completa que conste de un solo archivo PDF que contenga: * Una carta de motivación (cuéntanos sobre ti (en qué semestre vas, qué estudias o estudiaste, o si eres un investigador joven, postdoc, etc.) y cómo te beneficiarías de participar en esta escuela, redactada en INGLÉS)

* Una carta de recomendación (pida a su supervisor / mentor / profesor una carta firmada en INGLÉS)
* Opcional: una carta para solicitar alojamiento (dé una justificación completa de por qué lo está solicitando) *
A la siguiente dirección de correo electrónico: bioinformatica@im.unam.mx
La fecha límite para la solicitud es el 28 de abril de 2017. Se le notificará acerca de su solicitud en la primera semana de mayo de 2017.

Para cualquier duda o aclaración te invitamos a revisar nuestra sección de Preguntas Frecuentes

Querétaro

Imágenes de la ciudad de Querétaro y del campus de la UNAM en Juriquilla, Querétaro.

Cartel

Cartel

Ciudad de Querétaro

Ciudad de Querétaro

Facultad de Ciencias en Juriquilla

Facultad de Ciencias en juriquilla

Una calle de Querétaro

Una calle de Querétaro

UNAM en Juriquilla

UNAM en Juriquilla

Arcos

Arcos de Querétaro

Arcos y Ciudad de Querétaro

Arcos y Ciudad de Querétaro

Centro de Querétaro

Centro de Querétaro

UNAM campus Juriquilla

UNAM campus Juriquilla

El campus

El campus

Información importante

How to get to Querétaro?

Querétaro has two important bus Stations: North Station (located in Avenida 5 de Febrero) and South Station (the main one).

from states in the North of Mexico to Querétaro:
You can get directly by bus, some of the buses that give this service are: ETN and Primera Plus
from Mexico City to Querétaro (approximately 3 hours)
  1. From Terminal 1 of the International Airport Benito Juarez is to look for the ticket desk of Buses "Primera Plus" in front of Door 7 (Puerta 7). There is a bus to Querétaro, which runs daily every hour (price is approximately $413.00 MXN). You can visit Primera Plus Page to buy your tickets in advance. This Bus arrives to the South Station only.
  2. The Metro stop Terminal Aérea is fairly close to the Terminal 1 of the International Airport Benito Juarez. One should take the Metro in direction to Politécnico, and go out in the stop Autobuses del Norte. This stop is located just next to the North Bus Station. From the main entrance of the bus station turn right and look for the desk of Primera Plus or ETN. Here you can buy tickets to either the North Station (5 de Febrero) or to the South Station the price for either one is approx. $322.00MXN, but it's 50% cheaper if you have a mexican student ID or 14% cheaper if you buy it online
  3. There are also some departures (although less frequent) from Central de Autobuses del Sur (by ETN only) and Observatorio (Primera Plus)
    4. from the South of Mexico:

    It's easier to arrive first at México city, then travel to Querétaro

    When you arrive to Querétaro...


    from Either Station to Hotel Dos Patios (its the same distance):
    1. By bus: There are several buses that leave from the bus station, just note that you must acquire a card to be able to use the public transport, get it at the bus stop of any bus Station. TIP: You can download the "QRutas" app on your mobile phone to know the different buses routes and know which one to take:
      1. For Android: https://play.google.com/store/apps/details?id=mx.mobilepro.qrutas&hl=es
    2. Uber works perfectly well and the fares are quite good
    3. Do not attempt walking, it is NOT at all close
Our Host hotel

Students with an accomodation scholarship will be staying at Hotel Dos Patios, located in 5 de Mayo street #109 Col. Centro Histórico C.P. 76000 Querétaro, Qro.

We suggest for our students that were not granted an accomodation scholarship to stay some place near our host Hotel, since you can save a lot of money and time by using our PUMAbus service daily:

  1. If you would like to stay at our host hotel (These Options include Breakfast)
    1. Room for 4 people: $1800.00 MXN per night
    2. Room for 2 people: $1550.00 MXN per night
  2. Here are some Hostel options:
    1. Casa Azul: https://www.hostelworld.com/hosteldetails.php/Casa-Azul/Queretaro/272608?dateFrom=2018-06-10&dateTo=2018-06-24&number_of_guests=2&sc_pos=1
    2. Santa Lucha: https://www.hostelworld.com/hosteldetails.php/Santa-Lucha-Hostel/Queretaro/265317?dateFrom=2018-06-10&dateTo=2018-06-24&number_of_guests=2&sc_pos=2
    3. Itza: https://www.hostelworld.com/hosteldetails.php/Itza-Hostal/Queretaro/47907?dateFrom=2018-06-10&dateTo=2018-06-24&number_of_guests=2&sc_pos=3
  3. Here are some Airbnb options:
    1. https://www.airbnb.mx/rooms/14167654?location=Querétaro%2C%20Santiago%20de%20Querétaro&adults=10&check_in=2018-06-10&check_out=2018-06-24&s=ILm0rcdV
    2. https://www.airbnb.mx/rooms/16111289?location=Querétaro%2C%20Santiago%20de%20Querétaro&adults=10&check_in=2018-06-10&check_out=2018-06-24&s=ILm0rcdV
    3. https://www.airbnb.mx/rooms/22300029?location=Querétaro%2C%20Santiago%20de%20Querétaro&adults=10&check_in=2018-06-10&check_out=2018-06-24&s=T6-IMT2h
    4. https://www.airbnb.mx/rooms/10524213?location=Querétaro%2C%20Santiago%20de%20Querétaro&adults=10&check_in=2018-06-10&check_out=2018-06-24&s=NkYuFzye
What about the Final Project?

The final project consists of these steps:

  1. You will prepare a project proposal of maximum 2 slides (one being the title of the project)
  2. You will present the proposal on the second week of the School, in a maximum of 5 minutes.
  3. Instructors, TAs and the Organizors will check the project proposals and choose the best projects
  4. The chosen projects will be announced the next day
  5. Multidisciplinary teams of 4 must be integrated by the participants. Multidisciplinary meaning that teams must have people from exact sciences and biological or medical sciences.
  6. You will have 3 days to work on the Project
  7. On the last day of the School, you will present this project. Please note that EVERYONE in the team must present. Each member of the team will have to present one slide, hence the total number of slides must be 4 per final project (Including the title slide)
Here you will find some examples of some project proporsals presented on our previous courses. 1) Sexual Attraction Network based on Mus Musculus MHC


2) Boolean Network Analysis for Interacting Pathways in Lung Cancer



3) Expression of a Molecular Signature associated with ROS production in breast cancer

Horarios

Seleccionados

Contacto



Organizadora: Maribel Hernández Rosales, Instituto de Matemáticas UNAM, Juriquilla

Co-Organizador: Alfredo Varela Echavarría, Instituto de Neurobiologia UNAM, Juriquilla

Contacto: bioinformatica@im.unam.mx